1997년 대전 시티즌의 창단 멤버로 데뷔하였다.
2001년 FA컵 우승과 2004년 K-리그 컵대회 준우승에 큰 공헌을 하였다.
특히, 2003년부터 2006년까지
4년간 팀의 주장을 맡았고, 2009년 다시 주장에 선임되었다.
2009년 4월 8일 전남 드래곤즈와의 피스컵 코리아 2라운드 경기에서
K리그 사상 5번째로 프로 통산 400경기 출장 기록을 세웠다.
2009년 4월 12일 울산 현대 호랑이와의 K리그 원정 경기에 출전하여
K리그와 K-리그 컵대회 합산 통산 401경기 출장으로
단일팀으로 개인 통산 최다 출장 타이를 기록하였고,
4월 18일 성남 일화 천마와의 K-리그 홈 경기에 출전하여
K리그와 K리그 컵대회 합산 통산 402경기 출장으로
단일팀으로 개인 통산 최다 출장 신기록을 세웠다.
2013년 1월 FA 자격을 취득하였으나,
연봉 협상 문제로 대전 시티즌과 갈등을 빚어 결국 재계약에 실패하였다.
몇몇 대전 시티즌 팬들은 그의 재계약이 불발되었다는 소식이 전해지자
3월 4일 창원축구센터에서 열렸던 경남 FC와의 개막전에서
걸개를 거꾸로 걸고 침묵 응원으로 일관하며 불만을 강하게 표출했다.
염홍철 시장까지 나서서 그의 마음을 돌리려고 했지만
그는 직접 시청을 찾아가 완전히 결별한다는 의사를 밝혔다.
이 사건으로 김광희 당시 대전 시티즌 사장이 사퇴하는 일이 벌어졌다.
대전을 떠난 뒤 프로축구 연맹에 자유계약 공시를 요청하였고,
그의 요구가 승인되어 2012년 3월 19일 자유계약선수로 공시되었다.
그 해 3월 26일까지 타 구단으로 이적이 가능하게 되었고,
2012년 3월 23일 전북 현대 모터스에 이적하였다.
대전 시티즌에서는 최은성의 번호 21번을 은퇴한 뒤 21년 동안 결번하기로 정했다.
2013년 3월 9일 전주월드컵경기장에서 열린 울산전에서
김병지와 김기동에 이어 역대 3번째 500경기 출장 기록을 달성하였다.
