글이 길어질거 같아 리플이 아닌 글쓰기로 올립니다.

가정) 수리비 30만언.
회사는 30만언에 대한 세금계산서가 당연히 필요합니다.
이때 세금계산서는 공급가액 272,730원 부가세 27,270원 이렇게 발행됩니다.

헌데... .개인카드로 일부 결제하셨습니다 (15만언으로 가정)
그러면... 15만언만 수리업체에게 송금해주고, 30만언짜리 세금계산서를 받으면 될거같지만...
그렇게 하면 수리업체는 개인카드 결제시 매출부가세(15만원에 대한)가 이미 발생했고
님 회사에게 세금계산서 발행하며 매출부가세(30만원에 대한)가 또 발생합니다. 
결국 수리업체가 손해죠. (매출부가세는 세무서에 납부해야 하는 세금이기 때문입니다)
그리하여 다른 방법으로 풀려면 좀 복잡해집니다.

그렇기 때문에수리업체에서 개인카드 결제한거 취소하고, 회사로부터 30만언 받으면 최선입니다.
그걸 싫어하면... 좀 복잡해집니다.

제가 그 상황이라면.... 이런 방법으로 처리할것 같습니다.

일단 님의 회사는 죽었다 깨나도 매입세금계산서가 필요합니다.
그렇기에 수리업체에게 세금계산서 발행(30만원에 대한)을 해달라고 합니다. 
그리고 결제대금은 나머지 15만원 송금해준다고 하세요.

이때 수리업체 담당자가... 세금이나 경리에 좀 이해가 밝으면... 
제가 위에 설명해드린 매출세액이 중복되서 안된다고 할겁니다.
그런이야기 없이 해준다고 하면 옳타쿠나 하구 빨리 세금계산서 받고, 돈 보내주세요.

중복되서 안된다구 하면... 중복된 금액만큼 현금으로 주겠다고 하세요.
15만원에 대한 매출부가세 중복이니..13,630원입니다.
그 금액만큼 업무 미스로 인하여 님이 개인부담하시는거죠.

업체가 두번째 방법에 오케싸인 내면.... 
회사는 30만원짜리 세금계산서를 받고. 15만원은 님에게
15만원은 수리업체에게 주면 됩니다.

이때 회사에서 수리업체에게 준 15만원 말고, 님에게 준 15만원에 대한 증빙이 필요한데요.
님이 개인카드로 결제하신 카드 영수증은 문제가 있습니다.
간이 영수증이나 개인카드영수증을 회사 증빙으로 사용시 3만원 초과하면,
님의 회사 결산시 손금불산입이 되어버려서, 회사 기말결산시 약간의 세금이 또 발생합니다.

에고... 간단한 문제 같은데도.... 제대로 설명드리자니... 끝이없고, 깊게 나가네요...

근데 위 문제는 왠만한 회사 경리부서에선 그냥 넘어가주는 경우도 있습니다.

이래저래 좀 고생되시겠지만... 잘 풀어가시고...
추가적인 질문 있음 리플남겨주세요.