제주 4.3 사건 당시의 제주도 상황은 해방으로 부풀었던 기대감이 점차 무너지고, 미군정의 무능함에 대한 불만이 서서히 확산되는 분위기였다. 약 6만 명에 이르는 귀환인구의 실직난, 생필품 부족, 전염병의 만연, 대흉년과 미곡정책의 실패 등 여러 악재가 겹쳤다. 특히 과거 일제강점기 당시 경찰출신들이 미군정경찰로의 변신, 밀수품 단속을 빙자한 미군정 관리들의 모리행위 등이 민심을 자극하고 있었다. 결과적으로 남한 단독 정부수립을 반대하는 남조선로동당계열의 좌익세력들의 활동과 군정경찰, 을 비롯한 극우 반공단체의 횡포에 대한 제주도민들의 반감 등이 복합적으로 일어났다.
1947년 3.1절 기념식에서 기마경관의 말발굽에 어린아이가 채이는 일이 벌어졌고, 이를 본 시위군중들은 기마경관에게 돌을 던지고 야유를 보내며 경찰서까지 쫓아갔다. 그런데 경찰이 이를 경찰서 습격으로 오인하여 시위대에게 발포해 6명이 사망하고 6명이 중상을 입었다. 발포사건의 전모를 모르던 미군정 당국은 이 발포사건을 잘못을 시인하면서도 정당방위로 주장하고 사건을 '시위대에 의한 경찰서 습격사건'으로 규래 행사 간부와 학생들을 연행하기 시작했고 이에 민심이 들끓었다. 이념과 관계없이 무차별 검거, 부녀자 겁탈, 재물 약탈 횡포가 잇달아 도민들은 경찰, 미군정과 완전히 대립하게 되었다. 이에 좌파세력은 이런 민심의 흐름을 놓치지 않고 조직적인 반경활동을 전개했다. 또 3월 10일 정오를 기하여 총파업에 들어갈 것을 지령했다. 3월 10일부터 제주도청을 시작으로 민관 총파업이 발생하여, 제주도의 경찰 및 사법기관을 제외한 행정기관 대부분인 제주 직장인 95%에 달하는 4만여명이 참여하였고, 심지어 제주 경찰의 20%도 파업에 참여하였다. 미군정은 조사단을 파견하여 총파업이 경찰발포에 대한 도민의 반감과 남로당의 선동에 있다고 분석했다. 그러나 사후처리는 경찰의 발포보다 남로당의 선동에 비중을 두고 강공 정책을 추진했다. 경찰은 이후 파업 관련자 검거에 나섰고 이 과정에서 수감자 석방을 요구하는 군중에 또 다시 발포하는 사건이 일어난다. 이에 남로당은 민심을 이용하여 조직의 수호와 방어의 수단 및 단선·단정을 반대하는 구국투쟁으로서 무장투쟁을 결정하였다. 4월3일 제주도 내 경찰지서 및 우익단체 요인들의 집을 습격하면서 봉기가 시작되었다.
이에 미군정은 4월 5일에 '제주도 비상경비 사령부'를 설치하였다. 이어서 미군정은 즉각 각 도로부터 차출한 대규모의 군대, 경찰, 서북청년단등 반공단체를 증파하였고, 제주도 도령을 공표해 해안을 봉쇄하였다. 처음에는 상호 간에 수십명의 사상자가 나왔지만 이후 4월 28일 9연대 사단장 중령 김익렬이 더이상의 피해를 막고자 남로당무장대 대장 김달삼과의 회담을 가져 평화적으로 해결하고자 했다. 그리고 평화협상이 체결되어 전투를 72시간 이내에 중단하기로 합의하였다. 그러나 미군정과 조병옥 경무부장 등이 강경 일변도의 진압정책으로 나와 이러한 평화협상은 깨졌다 .5월 1일, 서북청년단을 비롯한 우익청년단체에 의해 오라리 방화 사건으로 합의가 파기되면서 사태가 악화되었다.
5월 10일의 남한 단독선거에서 제주도는 투표수 과반수 미달로 무효처리되었고, 다음달 23일에 재선거를 실시하려는 미군정의 시도도 실패로 돌아갔다. 8월 15일 남한에 대한민국이 수립되고, 다음달 9일 북한에 조선민주주의인민공화국이 수립되면서 남한의 이승만 정부는 제주도 문제를 정권의 정통성에 대한 도전으로 인식하였다. 이승만 정부는 그해 10월 11일 제주도경비사령부를 설치하고 본토의 군 병력을 증파하였고, 11월 17일 제주도에 계엄령을 선포하였다. 이에 앞서 중산간지대를 통행하는 자는 폭도배로 간주하여 총살하겠다는 포고문이 발표되었고, 중산간마을에 대대적 진압작전이 실시되었다. 1948년 11월부터 중산간마을에 대한 강경진압으로 마을이 불타 없어지고 많은 인명이 희생되었다. 이로 인하여 삶의 터전을 잃은 중산간마을 주민 2만 명 가량이 산으로 들어가 무장대의 일원이 되는 결과를 초래하였다. 진압 군경은 가족 중에 한 명이라도 없는 경우에 도피자 가족으로 분류하여 부모와 형제자매를 대신 죽이는 이른바 '대살'을 자행하기도 하였으며, 재판절차도 없이 주민들이 집단으로 사살되기도 하였다.
1949년 3월 제주도지구전투사령부가 설치되면서 진압과 함께 귀순하면 용서한다는 사면정책에 따라 많은 주민들이 하산하였다. 1949년 5월 10일 재선거가 성공적으로 치러진 데 이어 6월에 무장대 총책인 이덕구가 사살됨으로써 무장대는 사실상 궤멸되었다. 그러나 이듬해 6·25전쟁이 발발하면서 보도연맹 가입자와 요시찰자 그리고 입산자 가족 등이 대거 예비검속되어 죽임을 당하였고, 전국 각지의 형무소에 수감되었던 4·3사건 관련자들도 즉결처분되었다. 이 사건은 1954년 9월 21일 한라산의 금족 지역이 전면 개방됨으로써 7년 7개월 간의 참사는 막을 내렸다.
제주 4·3 사건은 30여 만 명의 도민이 연루된 가운데 2만5천~3만 명의 피해자가 발생했다. 남로당 산하의 무장대 숫자는 최대 500명이었으니 무고한 학살이 얼마나 심했는지 알 수 있다. 제주4.3특별법에 의한 조사결과에 따르면 사망자만 14,000여명에 달한다. 전체 희생자 가운데 여성이 21.1%, 10세 이하의 어린이가 5.6%, 61세 이상의 노인이 6.2%를 차지하고 있는데 이는 피해자들이 무고한 희생이었음을 입증해준다. 4.3 사건을 경험한 유족들의 회고에 따르면, '좌익도 우익도 자기 마음에 안들면 마구잡이로 죽여버리는, 완전히 미쳐버린 세상이었다.'고 회고하고 있다.
