▶ 매트릭스 1 : 네오를 찾고 네오가 사이버 전사로 거듭나게 되고 사이퍼의 배신 후 네오의 부활로 인하여 The One으로서의 능력을 얻게 된다는 이야기.


▶ 애니 매트릭스 종합 : 여러 가지 이야기가 있다. 그 중 일부
1. 오시리스의 마지막 비행 : 시온의 위에서 땅을 뚫고 있다는 것을 알게 된 오시리스호. 목숨을 걸고 그 장면을 찍은 디스켓을 매트릭스 내에서 소포로 보내고 최후를 맞게 된다.

2. 어떤 꼬마 이야기 : 혼자 자각을 하고 옥상에서 투신자살하여 매트릭스에서 빠져나온 꼬마. 매트릭스 2에서 네오가 구해졌다고 믿고 네오처럼 되길 원한다.

3. 2번째 르네상스 : 매트릭의 탄생 배경 이야기. 인공지능이 좋아지고 기계가 일하는 편한 세상. 그러다가 사건의 불씨가 된 살인사건 발생. 그것은 로봇이 주인을 살해하는 사건이었다. 그 로봇은 사형 판결을 받고 한 마디만 하였다. "살고 싶다" 그 이후로 인간은 기계들을 무차별 학살하였고 기계들은 쫓겨나서 새로운 나라를 만들기에 이르렀다. 기계와 인간의 전쟁... 불리해진 인간은 태양이 기계의 원동력인 태양을 없애기 위해 하늘을 어둡게 만드는 미사일을 발사하기에 이르렀다. 그러나 인간들은 기계에게 잡혀 실험을 당하고 현재 매트릭스가 완성되었다.


▶ 매트릭스 2 : 스미스가 복제의 능력을 갖고 나타난다. 네오는 오라클의 계시에 따라 키메이커를 찾고난 다음 매트릭스의 개발자를 만나게 된다. 네오는 트리니티를 살리는 것을 선택하고 현재 세계에서 능력을 발휘하고 실신. 스미스의 분신은 현재 세계에 아직 남아있다.


▶ 엔터 더 매트릭스 : 이것은 매트릭스와 동일한 시간 대에 나이오비와 고스트의 모험을 그린 게임이다. 중간중간 실제 배우들의 모습과 연기모습도 볼 수 있다. 그리고 마지막에는 매트릭스의 공개되지 않은 예고편들이 있다. (워쇼스키 형제가 직접 만든 1시간 분량의 동영상!!!)

해킹모드는 못 해보고 고스트로 일반모드를 클리어하였다. (나이오비만의 시나리오가 따로 있지만 그건 아직 모름. 나중에 업데이트할 생각)
일반모드 스토리의 시작은 애니 매트릭스의 오시리스의 마지막 비행 이야기와 이어진다.

나이오비와 고스트는 오시리스가 남긴 소포를 찾기 위해 우체국으로 향한다. 기동타격대와의 전투 후 소포를 얻게 되고 되돌아가던 중 에이전트와 만나게 된다. 에이전트로부터 도망쳐 무사히 현실세계로 도착. 그것을 시온에 전송하게 된다. 그것을 보고 모두 시온으로 집결하라는 명령을 받게 되고 각 함장들에게 매트릭스 안의 공항 전화로 모일 장소와 시간을 알려주게 된다. 공항 전화는 전화기가 많아 추적될 위험이 적다. 그러다가 다른 사람이 위험해져서 구한다. 
그리고 약속한 시간이 왔다. 매트릭스 2에서의 거의 처음 부분인 모든 함장이 한 자리에 모이고 스미스가 이어폰을 주고 떠나는 장면이다. 오라클과의 연락을 위해 한 척의 함선은 남기로 결정한다. 영화에서는 네오와 요원과의 싸움장면이 나오고 게임에서는 모든 함장들은 도망간다. 네오는 요원과 싸웠지만 그들은 기동타격대와 전투를 하게 된다. 지하수로에서의 전투 중 전화기를 통해 몇몇은 도망가는 데 성공한다. (지하수로에 전화기가 있다니 -_-;) 고스트는 다시 돌아왔지만 남아있는 사람이 있다는 말에 다시 지하수로로 향하게 된다. 사람들을 다 구하게 되면 에이전트가 등장하게 된다. 고스트와 나이오비는 에이전트를 유인하지만 막다른 곳에 이른다. 그 곳에 키메이커가 등장해서 그들을 구해준다. 
키메이커는 네오에게 전해달라고 열쇠를 주려하지만 (매트릭스 2에서의 소스 문을 여는 열쇠) 메로빙이언의 부하 늑대인간 둘이 와서 일부러 문을 열어놓았다며 열쇠를 훔쳐간다. 중요한 열쇠를 되찾아달라는 키메이커의 부탁에 따라 고스트와 나이오비는 메로빙이언의 집으로 들어간다. 여기는 문을 열 때마다 장소가 바뀌는 희한한 집이다. -_-; 
나이오비가 잡혀있다는 오퍼레이터의 말에 따라 구하러 가는 도중 모니카 벨루치의 역할인 ‘페르세포네’를 만나게 된다. 페르세포네는 영화에서 네오에게 했던 것처럼 고스트에 키스를 강요한다. 키스를 하고 고스트가 짝사랑을 한다는 것을 알고 나이오비가 있는 곳의 문을 열쇠로 열어준다. (문이 아니라 책장이 돌아간다 -_-; 그리고 페르세포네는 다른 곳에서 알아본 바에 따르면 만지면 그 사람의 기억을 알아내는 초능력이 있다고 한다. 내가 보기엔 키스로 알아내는 것 같다. -_-;)
고스트가 나이오비를 구출하고 나가는 도중에 키메이커의 감방 앞을 지나가는데 키메이커는 아직 때가 아닌 것 같다며 도망갈 수 있는 열쇠를 준다. (나중에 키메이커는 네오가 구출하게 된다.) 키메이커가 준 열쇠를 갖고 문을 열면 지하 주차장이다. 흰색 옷을 입은 쌍둥이 형제가 쫓아와서 차를 타고 도망간다. (영화 매트릭스 2에서 유일한 흰색옷)
이 다음 이상한 동영상이 나온다. 고스트가 먼저 전화로 매트릭스를 떠나고 트리니티가 전화를 받으려고 할 때 이상한 거지늙은이가 지나가면서 "70년 전에도 시온에 이런 일이 있었다."라고 한다. 아마도 시온이 공격받는 이야기를 하는 것 같다. 그리고 그 사람은 게임에서 보여주는 매트릭스 3 예고편에서 슬쩍 보인 것 같기도 하지만 정확하지는 않다. 
드디어 시온으로 모든 함장들이 모였다. 고스트는 시온 내의 가상현실에 접속해있을 때 트리니티와의 스파링을 하며 이야기를 나눈다. (즉, 엘리베이터를 내리고 네오가 다른 사람하고 있을 때 트리니티는 고스트를 만난다.) 
영화에는 안 나오지만 게임에서는 오라클의 보디가드인 세라프와 접촉하게 된다. 미안하다고 하고 한 판 싸운다. (영화에서 네오랑 한 것과 동일 -_-;) 그 다음 영화에서는 모피어스와 네오가 오라클과 접촉하기 위해 밖으로 나갔을 때 의회에서 나이오비가 나가겠다고 하여 3대의 함선이 밖으로 나가게 된다. (영화에도 있는 이야기)
나이오비는 모피어스를 찾기 위해 고속도로를 달린다. 모피어스를 도와주고 난 후 모피어스와 네오와 다른 함장들이 모여 소스가 있는 문을 열기 위해 발전소를 파괴하러 간다. 나이오비는 방사능을 직접 쐬면서 폭탄을 설치하고 고스트는 통제실에서 도와준다. 에이전트를 만나 싸우고 무사히 발전소를 빠져나가 발전소를 폭파시킨다. 
그 때 함선으로 연락이 온다. 오라클의 보디가드인 세라프가 일이 있으니 오라는 연락이다. (나이오비 함선의 전화번호는 어케 알았대? -_-;) 그래서 차이나 타운으로 만나러가게 된다. 고스트와 세라프가 만났는데 역시 미안하다고 하고 한 판 붙는다. -_-; 드디어 만나게 되는 오라클... 오라클은 고스트의 짝사랑을 알고 있었으며 고스트 같은 사람이 후세를 잇기 바란다고 말했다. (고스트는 뜻있는 일을 하길 원하고 운명론적인 생각을 갖고 있다. 그래서 나이오비를 사랑해도 쟁취하지 못 한다. ^^;) 오라클의 전언은 자세히 기억나지 않지만 전쟁을 종식시킬 아이가 있는데 납치되었다고 한다. 그래서 그 아이를 구해달라고 한다. (이것은 매트릭스 3에 나오는 이야기일 듯 하며 네오가 아닌 그 아이가 끝낼 것으로 보인다.)  
세라프가 열어주는 문을 열고 프로그래머들이 다니는 길에 등장하는데 거기에 스미스가 나타난다. 기다리던 사람이 안 나타났지만 고스트가 필요할 것 같으니 복제하려는 계획이다. (2편 마지막에 네오와 같이 누워있는 사람처럼 만들 생각. 지금 시점은 네오가 소스의 문을 들어가기 전에 프로그래머의 길에서 스미스를 만나기 전이다.) 여러 명의 스미스가 쫓아오지만 프로그래머의 길에 있는 문을 이리 저리 열고 공사중인 빌딩, 차이나타운 등으로 고스트는 열심히 도망간다. -_-;;;;;;;;;;;;
간신히 전화를 통해 매트릭스 밖으로 도망왔다. 하지만 다른 함선과의 연락이 끊긴 상태. 스미스가 복제한 사람이 다른 사람들을 모두 죽이고 유유히 빠져나가는 장면이 보이고... (영화에는 안 나온다. 마지막에 네오와 누워있는 모습만 보이고) 그 때 기계들이 몰려왔다. 총(?)을 쏴대며 열심히 도망간다. 지도에도 없는 지하길로 도망가자 폭탄을 던진다. 폭탄을 총으로 맞추고... 다가오는 기계들을 EMP 한 방으로 모두 몰살. ^^;
(그 다음은 아시다시피 모피어스의 함선으로 가서 구출해준다.)

약간 틀리거나 시간이 뒤죽박죽일 가능성도 있지만 아마 거의 대부분은 맞을 것이다. 빠진 게 머있는지 기억은 잘 안 나지만.... 나이오비로 플레이해서 모자란 부분은 다음에 다시 설명하겠다. ^^;