http://media.daum.net/society/nation/seoul/view.html?cateid=100004&newsid=20120502220317069&p=khan 2일 서울시 공문 기록과 관계자들의 말을 종합하면 당시 이 시장은 최소한 3차례 이상 파이시티 관련 보고를 받고 지시를 내렸다. 그의 지시는 " '서울시 도시물류기본계획'에 따라 (파이시티 사업을) 추진하라"는 내용으로 일관된다. 파이시티 부지를 포함한 서울시내 3개 화물터미널 개발 등을 주 내용으로 하는 도시물류기본계획은 이 대통령이 2002년 7월 서울시장 취임 이후 급물살을 타기 시작한 것으로 후에 파이시티 인허가의 근거가 됐다.
파이시티 부지는 1984년 화물차 정류장으로 용도가 지정됐다. 이 때문에 서울의 노른자 지역에 위치하고 있음에도 화물터미널 부지로 묶여 개발이 불가능했다. 1990년대부터는 개발사업자들의 용도변경 요청이 잇따랐다.
실제 용도변경 논의는 이명박 시장 취임 이후 본격화됐다. 그는 시장 취임 석 달 후 서울시정개발연구원에 도시물류기본계획 연구용역을 발주했다. 연구의 주요 내용은 화물터미널 부지에 백화점 등 대규모 판매시설 개발을 허용해줄 수 있는지 여부였다. 당시 소관 부서 중 하나인 서울시 교통관리실 실장은 이 시장의 신임이 두터웠던 음성직 전 서울도시철도공사 사장이었다.
2004년 9월에는 서초구가 파이시티가 제출한 사업제안서를 서울시에 냈다. 백화점 입점 등이 포함된 사업제안서는 용도변경 허가를 전제로 작성된 것이다.
이 사업제안서는 시장실에까지 보고됐다. 서울시의 공문 기록을 보면 도시계획국 시설계획과가 그해 11월26일 시장실에 양재동 화물터미널 개발 문제와 관련한 보고를 한 것으로 나타난다. 당시 이 시장은 "도시물류기본계획 연구용역 결과를 반영하라"고 지시했다.
5개월 뒤인 2005년 2월 박영준 전 지식경제부 차관이 서울시 정무국장에 부임하면서 파이시티 사업 진행은 부쩍 속도가 빨라졌다. 그는 관련 부서 고위 간부들에게 "파이시티 검토를 빨리하라"고 독촉한 것으로 드러났다.
