재판관 목영준의 반대의견(위헌의견) 
나는, 이 사건 법률조항이 국방의 의무를 이행하는데 있어서 남성과 여성을 합리적 이유없이 차별하고 있다고 판단하므로 다음과 같이 위헌의견을 밝힌다. 
가. 헌법상의 국방의 의무 및 이를 구체화한 법률상의 의무 
(1) 우리 헌법은 제39조 제1항에서 “모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 국방의 의무를 진다.”고 규정함으로써 남성은 물론 여성도 국방의무의 주체임을 명시하고 있고, 국방의 의무는 단지 병역법에 의하여 군복무에 임하는 등의 직접적인 병력형성의무만을 가리키는 것이 아니라, 간접적인 병력형성의무 및 병력형성이후 군작전명령에 복종하고 협력하여야 할 의무 

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도 포함하는 개념이다. 이에 따라 모든 국민은 법률이 정하는 바에 따라 국방의 의무를 부담하게 되는데, 이 경우 성별(性別), 신체조건, 학력 등 개개인의 객관적 상황에 의하여 차별이 발생할 수 있으나, 그러한 차별이 헌법상 보장된 평등권을 침해하지 않기 위하여는 이를 정당화할 수 있는 합리적인 이유가 있어야만 한다(헌재 2010. 11. 25. 2006헌마328, 판례집 22-2하, 446, 464). 
(2) 현재 국방의 의무는 병역법과 향토예비군설치법, 민방위기본법, 비상대비자원관리법, 징발법, ‘재난 및 안전관리 기본법’ 등 여러 법률을 통하여 구체화되어 있다. 위 개별 법률들에 의하여 구체적으로 형성된 남성과 여성의 각 국방의무의 내용을 살펴보면, 병역법과 향토예비군설치법 및 민방위기본법에 의하여 남성은 병역의무를 부담하고, 예비군 및 민방위대로서 동원되어 훈련을 받을 의무 등을 부담하나, 여성은 그와 같은 의무를 전혀 부담하지 않음에 따라 남성과 여성 간에 국방의무의 부담에 있어서 차별이 발생하고 있다(헌재 2010. 11. 25. 2006헌마328, 판례집 22-2하, 446, 463-464 참조). 
나. 차별의 합리성 여부 
(1) 심사기준 
이 사건 법률조항이 평등권을 침해하는지 여부는 다수의 기각의견이 판단한 바와 같이 완화된 심사척도에 따라 자의금지원칙 위반 여부를 판단하면 족하므로, 남성과 여성에 대한 위와 같은 차별에 합리적 이유가 있는지를 살펴보기로 한다.
(2) 판단 
(가) 남성과 여성은 전반적으로 다른 신체적 구조와 체력을 가지고 있고, 국방의무의 이행에 있어서도 이 
 로 인한 차별취급은 당연히 용인되어야 한다. 
그런데 병역법상의 병역의무 중 복무의 내용 자체가 신체적인 조건이나 능력과 직접 관계되는 것은 현역 복무(병역법 제24조, 제25조의 전환복무를 포함한다)와 상근예비역 및 승선근무예비역에 한정된다(제21조 내지 제23조의5). 보충역이나 제2국민역의 경우 반드시 남성으로서의 신체적 능력이 필수적 전제가 된다고 보기는 어렵다. 
그러므로 남성과 여성 간의 신체적 상이 및 그에 따른 사회적 역할의 차이를 고려하더라도, 이 사건 법률조항에 의하여 병역법상의 모든 국방의무를 남자에게만 부과하는 것은, 헌법상 규정된 국방의무의 부담에 있어서 남성과 여성을 합리적으로 차별한다고 볼 수 없다. 이는 오히려 과거에 전통적으로 남녀의 생활관계가 일정한 형태로 형성되어 왔다는 사실이나 관념에 기인하는 차별로 보이는바, 그러한 성역할에 관한 고정관념에 기초한 차별은 허용되지 않는 것이다(헌재 2010. 11. 25. 2006헌마328, 판례집 22-2하, 446, 465-466 참조). 
(나) 한편 현재 국방의 의무를 구체화하고 있는 여러 법률들은 남자에 대하여 대부분의 의무를 부과하고, 여자는 소극적 지원에 그치게 함으로써 국방의무의 배분이 전체적으로 균형을 이루고 있다고 인정하기 어렵고, 나아가 남자에 대하여 병역의무의 이행에 따르는 기본권 제한을 완화시키거나 그 제한으로 인한 손실 및 공헌을 전보하여 주는 제도적 장치가 마련되어 있지도 않다(헌재 2010. 11. 25. 2006헌마328, 판례집 22-2하, 446, 466-467 참조). 
다. 소  결 
결국 이 사건 법률조항이 대한민국 국민인 남자에게만 병역의무를 부과한 것은, 헌법상 국방의무를 합리적 이유없이 자의적으로 배분한 것으로서 남성의 평등권을 침해하므로 헌법에 위반된다.
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1.현재 병역법 헌법소원에서 가장 문제가 되는 부분은 청구기간이 입니다. 제1국민역으로 18세부터 들어가는데 이때로부터 1년 이내에 헌법소원을 청구해야합니다. 그런데 18세에 대부분의 사람은 고등학교를 다니고 있습니다. 병역법 헌법소원을 청구할 사람을 구하기 어렵습니다.

2. 병역법에서 그나마 헌법소원이 용이한 부분은 제2국민역과 보충역에 대해서 일 것입니다. 저 같은 경우 작년 7월달에 제2국민역으로 전역되었습니다. 군문제를 좀더 일찍 알았다면 제가 청구했을텐데 기한을 놓친게 아쉽네요. 앞으로 헌법소원을 할때 이 부분에 대해서 청구하면 대상자를 찾기도 쉬우리라 생각합니다.

3. 현재 민방위기본법 관해서 헌법소원을 낼 생각입니다. 민방위로 편입된지 1년이 지나서 청구기간이 끝났지만 대학교 복학 이후에 다시 휴학을 하면서 민방위에 재편입되면 민방위기본법에 대해서 헌법소원 낼 자격이 생긴다는 판단이 되었습니다. 차근차근  관련 절차와 논의를 거쳐서 내년 6월 이후에 제출할 생각입니다.

4. 양성징병제를 단번에 통과시키기는 어려울거라 생각됩니다. 민방위법부터 시작해서 제2국민역, 보충역 순서로 넓혀가는걸 생각하고 있습니다. 그때가 되면 현역으로 여성징병 문제도 논의될거 생각합니다.