‘밖에는 연구원이 문재인 쪽에 기울어 편향된 보고서 냈다고 알려져"민주당 핵심관계자는 "아직 탄핵 국면이 진정되지 않는 상황에서 진성준 부원장은 '이런 보고서를 굳이 낼 필요가 있냐'는 입장이었지만, 보고서를 쓴 문병주 수석연구위원은 '앞으로의 정국 전개를 가치중립적으로 기술한 것이다. 당이 개헌 이슈에 선도적으로 대응해야 한다'고 맞섰다"고 분위기를 전했다.4일 사의를 표명한 김용익 원장은 "대선공약 개발은 연구소의 원래 업무 아닌가? 개헌이 중요한 문제가 될 것으로 봤기 때문에 문 연구위원에게 일을 맡겼다"며 "그러나 진 부원장은 개헌 보고서 작업이 진행중이라는 것을 뒤늦게 알았고, 보고서 내는 것 자체를 반대했다"고 확인했다.친문재인 성향의 한 의원은 "당내 비문재인 진영을 자극한 <동아일보> 기사도 오보를 인정하고 '친문끼리 돌려봤다'는 (온라인 기사) 제목을 바꾸지 않았냐? 보도의 큰 줄기가 잘못됐는데, 자꾸 몇몇 표현을 문제 삼아 헐뜯는 분들이 있다"며 "보도 당일 진상규명하라고 성명서 낸 의원들 일부도 뒤늦게 '정확한 내용을 모르고 서명했다'고 하더라"고 말했다. 비문재인 성향의 또 다른 의원(수도권)은 "부분적으로 편향된 표현들이 없지 않지만, 보고서 자체가 '개헌 저지용'이라고 보기는 어렵다"고 느낌을 전했다.
한편, 김 원장은 "보고서를 문 전 대표 측에만 인편으로 전달하고, 비문 진영에는 이메일을 보냈다"는 비문재인 의원들의 항의에 대해 "각 캠프별로 상의해서 인편으로 달라는 쪽에은 인편으로, 메일로 달라는 쪽에는 메일로 준 것이다. 보안이 지켜지고, 받는 쪽이 편리한 방식으로 보내면 된다고 봤다"고 해명했다.