사찰 대상이던 노무현(A급 분류), 한승헌, 김승훈, 문동환, 강동규, 이효재 등 각계의 주요 인사 145명은 1991년에 국가를 상대로 소송을 냈다. 그리고 3당 합당으로 여당 정치인으로 변신했던 김영삼 민주자유당 대표최고위원은 "명색이 집권당 대표인 나마저도 국군보안사령부의 사찰 대상이라는 건 문제가 있다"라며 노태우 대통령을 압박하였다. 

 

 

그러다 2008년 기무사령관의 정기적인 대통령 독대가 부활하였고, 2009년 여름 기무사 수사관의 민간인 사찰이 폭로되었다.

사찰내용이 기록된 캠코더와 수첩 등 증거자료까지 나왔는데도 어물쩡 넘어갈려다가 소송걸렸다. 결국 피해자들의 손해배상 소송 결과 2011년 1월 피해자들에게 국가가 배상하도록 법원판결이 나왔다. 법원, ‘기무사 민간인 사찰’ 국가 책임 인정 거기다 이미 발각되고 나서인 2011년 10월에 와서도 조선대학교 교수의 이메일을 해킹하다 걸렸고, 이 때문에 기무사의 불법행각이 문제가 되고 있다.