부산대 측은 예산이 삭감된 것은 총장 직선제를 고수한 것에 대해 교육부가 불이익을 줬기 때문이라고 주장하고 있다.

문제는 예산이 삭감된 두 사업은 장학지원, 학습역량 강화, 해외파견, 교육여건 개선, 진로지원·취업지도 등 모두 학생들을 위한 것이어서 사업이 중단되면 학생들이 진로를 바꿔야 하는 등 큰 불이익이 우려된다.