수고하라는 말은 존대가 아닌 반말입니다.
대체용으로 사용하는 고생하세요 라는 말 역시 존댓말이 아닙니다
대체할 용어가 없어 수고하라는 말을 되받아칠땐 수고하세요
라는 반 경어체를 많이들 사용하시는데요.

수고해라의 올바른 대처법은 감사합니다 또는 고맙습니다
정도가 올바른 말이 될수있습니다. 

혹시 이런 상황에 난감하신분들은 한번 사용해보시는건 어떨까요