양측은 대법원과 2심이 엇갈린 판단을 내놓은 '시큐리티 파일'과 '425지논 파일' 증거능력을 둘러싸고 파기환송심에서 공방을 벌일 전망이다. 만약 새로운 증거나 주장에 의해 증거능력이 인정되지 않는다면 대법원 판단은 그대로 유지되고, 두 파일을 제외한 증거들을 바탕으로 심리를 진행하게 된다.

 두 파일은 모두 국정원 심리전단국 직원 김모씨의 이메일 계정에서 압수됐다. 각각 '시큐리티 파일'은 심리전단국 직원들이 사용한 것으로 추정되는 트위터 계정, '425 지논 파일'은 심리전단 직원들에게 하달된 지침으로 의심되는 문서다.  2심은 두 파일을 바탕으로 선거 국면에 돌입한 이후 심리전단국의 글 중 선거와 관련된 것의 비중이 늘었다고 판단, 1심이 무죄로 판단했던 공직선거법 위반 혐의에 대해 유죄를 선고했다.

 불구속 상태로 재판을 받던 원 전 원장은 2심에서 징역 3년의 실형을 선고받고 법정구속됐다. 그러나 대법원은 2심을 대법관 전원일치 의견으로 사건을 파기했다. 두 파일의 증거능력을 인정할 수 없다는 이유에서다.