그러나, 발사 때부터 각종 오류와 문제점이 속출하며 만신창이.
2003년 5월 9일 13시 29분 25초 발사직후 태양 플레어로 전지 손상, 엔진출력 저하.
2005년 7월 31일 x축 리액션 휠 고장
2005년 10월 2일 Y축방향 리액션 휠 추가 고장
2005년 11월 12일 미니 탐사기 투하 실패, 탐사기 미네르바 소실.
2005년 11월 20일 샘플 수집 미션 결행중 센서 이상, 소행성 표면에 불시착, 자세제어 불능.
2005년 11월 20일 화학 엔진을 가동시켜 이륙. 소행성에서 처음으로 비상한 인공물체.
2005년 11월 26일 소행성 이토카와에 재강하 성공, 이륙 직후 연료 누출.
2005년 11월 27일 자세 제어 명령 실패. 배터리 방전, 시스템 전원계통 리셋, 자세제어 스러스터 출력 저하.
2005년 11월 28일 일시적 통신두절.
2005년 12월 2일 이온엔진의 재기동 시도 실패.
2005년 12월 4일 제논가스 분사에 의한 자세제어 성공.
2005년 12월 8일 자세제어 스러스터계에서 다시 연료 누출, 자세제어 불가능.
2005년 12월 9일 다시 통신 두절.
2006년 1월 23일 비컨 신호로 통신 재개.
2007년 1월 17일 시료용기를 귀환캡슐에 격납.
2007년 4월 25일 귀환을 위해 이토카와 출발. 여러 기능이 상실되었지만 그러나 항행에 지장은 없음.
2007년 7월 28일 이온엔진 C 복구. 이후 C의 단독운전모드로 전환.
2009년 2월 4일 리액션휠 재가동. 이온엔진 D를 재점화. 귀로 제2차 궤도 변경개시.
2009년 8월 13일 8시 30분 메모리 에러. 항행에 지장없음.
2009년 9월 26일 이온엔진 재점화. 동력비행 재개.
2009년 11월 4일 중화기 열화로 인해 엔진D정지. 추력부족에 의해 귀환불능.
2009년 11월 20일 이온엔진A와 B 2대를 1대로 운용. 지구 귀환 재개.
그렇게 만신창이가 된 하야부사는 2010년 6월. 지구 궤도에 귀환합니다.
소중한 소행성의 샘플이 담긴 캡슐을 품에 안은 채...
통제실: 하야부사, 캡슐 분리.
하야부사: 네, 알겠습니다.
하야부사: 캡슐 이탈.
하야부사: 아아 - 끝났구나, 첫 심부름. 이제 남은 일은, 이대로 불타 버리는 거...
통제실: ...하야부사.
하야부사: 아, 네!
통제실: 마지막 "심부름" 이야. 그대로 뒤를 돌아보렴.
하야부사: 에? 뒤요?
통제실: 오랫동안 정말로 수고했어. ...하야부사,
어서오렴.
하야부사:
다녀왔습니다!
2010년 6월 13일. 하야부사의 마지막 "심부름".
눈을 감는 마지막 순간, 하야부사가 보던 지구... 아니, 고향.
그리고, 캡슐을 따라 지구로 재돌입한 하야부사는
새하얗게 불타며 분해되는 최후의 순간까지 앞서 분리된 캡슐을 지켜주듯, 빛나고 있었습니다.
하야부사의 지구 재돌입 영상. 아래쪽의 빛나는 것이 분리된 캡슐 (오스트리아 남부에 투하 성공)
*참고영상: