위에서 설명한 냉온탕을 오가는 대외정책과 군부의 반발뿐만 아니라, 농업정책의 실패도 흐루쇼프의 몰락에 큰 영향을 끼쳤다.

흐루쇼프는 소련에 있는 광대한 처녀지를 개간하고자 하는 꿈을 지니고 있었다. 그래서 실시한 게 처녀지 개간 사업인데 이에 대한 자세한 설명은 처녀지개간메달을 참조.

그런데 그가 개간하려는 처녀지의 대부분이 카자흐스탄, 시베리아 이런 곳이었던 지라 농업 생산량을 늘리기에 별로 적합하지 않은 땅이었다. 우선 춥다. 그리고 메말라 있었다. 제대로 농사 시작하면 망하기 딱 좋은 땅이라는 말. 하지만 그는 스탈린도 구워 삶았던 트로핌 리센코의 '춘화이론'을 신봉하고 있었다. 리센코의 춘화이론을 대충 요약하자면, 종자를 냉각시키는 춘화처리를 하면 추위를 이기는 품종이 나온다는 것이었다. 근데 이것은 1대에 그치는 형질이 아니라 다음 세대로 전달된다는 것. 이를 증명하기 위해서 그는 황우석처럼 실험데이터 조작도 서슴치 않았고, 언플력도 상당했는지 공산당 고위 관리조차 낚아서 많은 연구비를 타내기도 했다.

어쨌든 이것은 용불용설의 변형으로 대부분의 소련 생물학자는 이를 유사과학이라고 주장했으나, 흐루쇼프는 무학이었기 때문에 리센코 이론이 공산주의 원리에 맞는다고 주장하면서 대대적으로 종자에 춘화 처리를 실시했다. 다만 당시 리센코는 흐루쇼프뿐만 아니라 생물학적 지식이 별볼일 없던 여러 공산당 고관들을 낚았으므로(심지어 스탈린도 낚였다.) , 흐루쇼프가 무식해서 리센코를 추종했다기보단 어쩔수 없이 리센코를 따른것이라고 보는것이 옳다. 소련 생물학회에선 1930년대까지만 해도 니콜라이 바빌로프를 필두로 한 유전자설[20]이 대세였고 바빌로프 역시 아메리카에서 아프가니스탄까지 돌아다니며 무려 40000개의 품종을 들여오는등 열정적으로 노력했다. 그러나 대숙청 당시 스탈린과 친분이 두터웠던 리센코와 달리 인맥이 없던 바빌로프는 고작 5분동안 재판을 받고 시베리아 형무소로 끌려갔고 아이러니하게 소련인민의 굶주림을 해결하기위해 평생을 바친 그는 3년후 형무소에서 굶어죽고 만다.

그후 리센코는 소련 생물학회 아니 소련 과학계를 지배하게 됐으니 흐루쇼프가 설령 지식인 출신이라 해도 이건 어쩔수가 없는 상황이었다.[21]

뭐가 어찌되었든 결과는? 소련 농업은 망했어요. 안그래도 집단농장체제의 비효율 때문에 생산성이 저하되었는데, 멀쩡한 종자를 냉동시키다가 결국 종자에 손상만 줘서 농업생산량이 급감하였다. 때문에 적국인 미국에서 대규모의 식량을 수입할수밖에 없었고 이는 그의 지도력에 흠집을 냈다. 처녀지개간메달 문서에 이때의 참상이 잘 나타나 있다.

여담이지만 비슷한 시기에 다른 공산국가에서는 한 독재자가 이에 질세라, "저 새는 해로운 새다" 는 모토로 농업 증산을 실시했다가 비슷하게 농업을 말아먹었다. 다만 흐루쇼프는 잘못을 인정하고 재빨리 부족한 곡물을 수입해서 대규모 기근은 일어나지 않았지만 중국에서는 이를 감추고 "우리 풍년이 들었다"며, 외국에 곡물수출을 계속하다가 수천만이 굶어죽게된다. 이런 것을 보면 공산국가 지도자들이 자주 벌이는 현지지도라는게 얼마나 병크가 될 수 있는지 알 수 있다. 독재자가 아무 의미 없이 한 말("저새는 해로운..)이나, 잘 모르고 한 말("리센코 이론은 공산주의 이론에 ..")이 성구가 되어 엄청난 재앙을 초래한 것이다.

그래도 흐루쇼프는 소비에트연방영웅 훈장을 받았다. 뭐 자기가 집권하고 있었을테니까.