1981년 4월 10일 당시 전두환 대통령은 국무총리에게 다음과 같은 특별 지시를 내렸다.

총리 귀하

별첨 정보보고서와 같이

근간 신체장애자 구걸 행각이 늘어나고 있는 바

실태 파악을 하여 관계 부처 협조하에

일절 단속 보호 조치하고

대책과 결과를 보고해주시기 바랍니다.

대통령 전두환

총리 귀하

별첨 정보보고서와 같이

근간 신체장애자 구걸 행각이 늘어나고 있는 바

실태 파악을 하여 관계 부처 협조하에

일절 단속 보호 조치하고

대책과 결과를 보고해주시기 바랍니다.

대통령 전두환

이 지시에 따라 1981년 4월 17일 관계 부처 연석회의가 열렸다. 곧이어 4월 20일부터 8일간 연인원 1만9300여 명의 공무원이 투입되어 부랑인 1850여 명을 단속했다.

다음 해인 1982년부터 개인이 경영하는 복지 법인에 정부가 보조금을 지급함으로써 소위 부랑인 선도 사업은 본격적으로 전개되기 시작한다. 형제복지원 사건이 벌어지기 전 1년 전인 1986년, 36개소의 부랑인 시설에 1만6149명이 수용되어 있었다. 부랑인 시설에는 약 80억 원에 해당하는 국고 보조금이 지원되고 있었다.

이때 단속의 근거가 된 것은 1975년 제정된 내무부 훈령 제410호 '부랑인의 신고, 단속, 수용, 보호와 귀향 조치 및 사후 관리에 관한 업무 지침'(이하 내무부 훈령 제410호)이었다. 내무부 훈령 제410호는 형제복지원 사건이 벌어지기 전까지는 그다지 주목받지 못했다. 이 훈령은 오랫동안 묻혀 있다가, 형제복지원 사건의 책임 소재를 둘러싼 다툼에서 비로소 세상에 알려지기 시작하였다.