프로그램 제작 담당 안준영 PD는 시즌 2의 1차 탈락자 결정 당시 순위를 조작해 합격자와 탈락자를 바꾼 것으로 조사됐다. 안 PD는 시즌 1에서도 1차 탈락자 결정 과정에서 투표 결과를 임의로 바꿔 순위를 조작한 것으로 파악됐다.
김 CP와 안 PD는 시즌3, 4에서 더욱 대담하게 투표 조작을 했다. 시즌3, 4를 통해서는 각각 아이즈원(IZ*ONE), 엑스원(X1)이 데뷔했다. 검찰에 따르면 두 사람은 시즌3 방송 전에 최종 멤버 12명을 미리 정해뒀다. 순위에 따른 연습생 별 득표 비율까지도 정했다. 시즌 4도 같은 방법으로 최종 데뷔 멤버 순위에 손을 댔다.