식물이 성장하는데 필요한 질소, 인 등의 영양물질이 많이 존재하는 부영양 수역에서 주로 수온이 높은 여름철에 수체가 정체되어 물흐름이 잔잔한 상태에서, 종다양성이 깨어지고 1종 또는 적은 종류의 남조류가 우점하여 대량 증식하여 물색을 녹색으로 물들이는 현상이다. 따라서 녹조현상의 가장 중요한 발생원인은 수체내 인·질소 등의 영양물질 농도의 증가, 즉 부영양화라고 할 수 있다.