주인공인 우즈마키 나루토는 여러 임무를 수행하는 도중 오로치마루라는 강력하고 사악한 닌자가 나뭇잎 마을을 위기로 몰아넣고 있다는 사실을 알게 된다. 그런데 알고 보니 오로치마루는 아카츠키라는 비밀 테러조직의 일원에 불과했으며 그 중 한 명인 우치하 이타치에게 패배하고 도주한 상태였다. 이타치에게 명령을 내리는 아카츠키의 리더 페인은 스스로를 신이라 여기고 미수들을 모아서 무력으로 세계를 안정시키려는 위험한 사상의 소유자였다. 그런데 알고보니 아카츠키의 진정한 보스는 토비였고 페인은 그의 선동에 넘어가 조종당한 꼭두각시에 불과했다. 이 토비야말로 16년 전 구미호 사건을 일으키고 제 4차 닌자댄전을 발발시킨 진정한 흑막…인 줄 알았는데 알고 보니 토비 역시 과거 우치하 마다라와 만나서 그의 대역으로 행동했을 뿐인 카게무샤였으며 그의 타락 역시 마다라가 의도한 것이었다. 바로 이 마다라가 모든 일의 흑막으로써 육도선인의 힘마저 손에 넣어 자신의 궁극적인 목적을 달성해낸 진정한 최종보스…라고 생각했는데 알고 보니 그 역시 오오츠츠키 카구야의 교묘한 계획에 이용당한 존재였으며 최후의 순간 정체를 드러내 마다라를 흡수해버린다.

나뭇잎의 통수는 4번친다!