해방 이후 이병도는 해방 후 이병도는‘단군설화’에 대한 설화학적·민속학적 연구를 통해 단 군조선의 역사를 밝히려고 하였다. 그 내용은 다음과 같이 정리할 수 있습니다.

이병도는 이러한 논리를 기반으로 하여, 다른 고대 국가들이 조그만한 도시 혹은 부락에서 시작한 것 처럼 고조선 또한 이와 같이 시작되었다 보며 단군 조선을 고조선의 수도였던 아사달을 따 아사달 사회로 이름 지었습니다. 또한 단군조선에서 기자조선으로의 변화를 이병도는 지배 씨족의 교체로 보았으며 이 새로운 지배씨족에 밀린 사람들은 따로 나와 새로운 아사달 사회를 건국했다고 주장합니다. 단 그는 기자 동래설을 인정하지 않고 새로운 지배씨족이 건설한 국가를 한씨 조선이라 합니다. 이러한 그의 시각은 최남선이 식민주의사학의 단군신화 부정론을 비판 하고, 신화학·종교학·역사학 등 다양한 측면에서 그것을 고찰한 것과 다르지 않다고 볼 수 있습니다.

 이병도는 조선사 개강에서 기자동래설을 부인하면서 춘추전국시대 요동 일대에 이주한 한인漢人 중 기자의 후예를 자칭하는 자가 세력을 키워 평양에 도읍한 것이 기자조선일 것으로 보았으며 이를 기반으로 위만 조선 또한 같은 방향으로 이해하여 두 나라가 한인 국가라 서술 했습니다. 그런 데 그는 북방의 부여와 그 주변의 여러 국가·사회 그리고 삼한의 여러 나라 들을 서술한 후에 한인국가를 서술하는데, 이는 한국사의 첫 장을 중국인이 세웠 다는 기자조선이나 위만조선으로부터 시작하는 것을 피하려고 한 것으로 조인성 교수는 추측합니다. 특히 이병도는 기자조선의 지배씨족은 사실 기자와 상관이 없는 토착사회의 씨족으로서 요동 방면에서 대두하였을 것으로 보았고 기자동래설은 왕실에서 그 가계를 빛내기 위하여 기자를 시조로 삼으면서 비롯된 것에 불과하며, 그 성립 시기는 기자가 동래하였다는 은말 주초보다는 춘추시대 초일 것이 라고 추정하였습니다. 그는 기자조선, 그의 표현으로 한씨 조선이 우리가 알고 있는 단군 조선의 연장으로써, 요동과 한반도 북부를 중심으로 중국의 제도를 도입하여 고대 국가의 기틀을 정비하고 주변 고대 국가들의 맹주로서 성장했다고 주장합니다. 이러한 이병도의 주장은 한족 식민정권이라 서술했던 일본 사학자들의 주장에 대비되는 것으로써  현재 한씨조선설 자체에 대한 학계의 호응은 크지 않 지만 기자동래설을 부인하고 기자조선이라는 것이 고조선 내부의 어떤 변동 을 반영한다고 본 큰 틀은 대체로 지지를 받고 있는 실정입니다.

 또한 이병도는 처음에는 위만조선을 세운 위만을 조선인으로 주장합니다. 물론 그가 위만을 한인으로 본것은 사실이지만, 후에는 연나라 사람이지만 요동의 토인이라 하여 어느정도 조선인 계통일 가능성을 내비치는 등, 조선인 계통일 가능성을 부정하지 않고 결국에는 위만이 조선인임을 주장합니다. 그는 요동이 연나라 땅이지만 원래에는 조선의 땅이었다는 점, 위만이 상투를 틀고 오랑캐 옷을 입었다는 기록, 준왕이 위만에게 군사 관련 업무를 맡긴 것, 그리고 마지막으로 왕위에 오른 후 중국식 칭호가 아닌 조선이라는 칭호를 계속 유지했다는 점을 들어 위만의 조선인 설을 주장했습니다. 현재 학계에서는 위만의 국적을 따지기 보단 위만조선이 중국계 망명 집단과 고조선의 토착세력 집단의 결합이라고 해석하는 추세입니다.

 이병도는 비록 조선사 편수회의 일원으로써 친일적 행동을 했을지 몰라도 적어도 옛날부터 조선이 타국의 식민지였다는 식민사학 연구의 왜곡을 비판하면서 고조선사를 실증적으로 밝히려고 했습니다. 비록 그의 노력은 한국 고대사의 문제인 자료의 부족과 시대적 한계상 부족함이 있을지 몰라도 고조선에 대한 합리적 이해를 밝히고 알리려 했습니다. 그럼에도 조인성 교수는 머리말에 아래와 같은 말로써 이병도가 식민사학의 대부로 알려지고 또 이를 기반으로 강단사학이 공격받는 사태에 대하여 한탄하며 현 국사학계가 가진 책임을 강조했습니다.