이것은 국립국어원이니 하는 양반들과는 관계 없이, 저 스스로 생각하고 따져보고 쓰는 글입니다.

'너무'와 '정말'은 긍정/부정으로 비교할 것이 아닙니다. 서로 영역이 달라요.

'너무'는 '넘치는 상태'를 나타내는 말입니다. 비슷한 말로 지나치다가 있죠. 부족한 것도 아니고, 충분한 것도 아니고, 꽉 채운것도 아닌 넘쳐 흐르는 것입니다. 어떤 것이 많고 적은 또는 좋고 나쁜 '수준'이나 '정도'를 과장해서 나타내기에는 적절한 말이죠. '과유불급'이기 때문에 어느정도 부정적인 뜻을 깔고 가는 것이지, 말 자체는 좋고나쁨의 가치판단이 들어갈 필요가 없습니다. 그저 '과장'하는 말이라고 보면 됩니다.

'정말'은 부족하거나 넘치는 정도를 뜻하는 말이 아닙니다. 거짓말 또는 빈말이 아닌 '바른 말'이라는 뜻이죠. 참말이라고도 하고요.
'진짜'도 마찬가지로, 부족하거나 넘치는 정도를 뜻하는 것이 아니라, 가짜가 아닌 진짜배기라는 뜻이죠.

'정말'을 강조로 쓸 경우는, 허풍이나 공치사 또는 예의상 하는 립서비스가 아닌, '정직하게 있는 그대로'라는 뜻을 전달 하는 겁니다.
'정말 좋다', '정말 나쁘다' 하고 쓰죠. 과장하거나 축소해서 말한 것이 아니라, 있는 그대로 이야기 하는 것이라고 강조를 하는 것입니다.
강조의 방식이 '너무'와는 다르죠.

너무는 과장하는 것이고, 정말은 허풍이나 빈말이 아니라고 강조하는 것이죠.
이러한 특성 때문에, '너무'는 부정적인 느낌이 있는 것이고, '정말'은 긍정적인 느낌이 있는 것일 뿐이지, 얼마든지 긍정/부정 모두 다 쓸 수 있습니다.
좋은것도 얼마든지 과장해서 표현할 수 있고, 나쁜것도 얼마든지 진실되게 참말로 할 수 있는데, 이걸 꼭 정해놓아야 할까요?

이야기가 좀 샜는데, '너무'를 순화한답시고 '정말'로 바꿔 쓰는것은, 알맞지 않습니다.
'과장' VS '있는 그대로'라는 강조 방식이 서로 반대인 것이지, 긍정 VS 부정으로 반대에 놓을 것은 아닙니다.

너무를 쓰든, 정말을 쓰든, 그것은 화자가 강조하는 방식의 차이일 뿐이지, 긍정/부정을 논하기는 어렵다고 봅니다.