2003년 ~ 2007년: 5년간, 매년, 소년소녀 가장 지원 및 소아암 어린이 치료비로 1천만원씩을 기부
2005년: 거인병을 앓으며 외롭게 힘겨운 삶을 살고 있던 80년대 여자농구 스타 김영희 선배의 사연을 접하고 남몰래 거액의 치료비를 송금해 화제가 됨.
2007년: 06~07시즌 올스타전 MVP로 선정되며 상금 500만원을 받자, 개인돈 500만원을 보태 국제구호단체인 '월드비전'에 기부.
2007년: 06~07시즌 정규리그 MVP로 뽑히자 상금 500만원에 500만원을 보태 이웃돕기 성금으로 기부.
2008년: 전주 지역의 가정형편이 어려운 중고등학생들에게 장학금으로 1천만원을 기부.
2008년: 프로농구 사상 첫 정규리그 1만 득점을 돌파한 후, "의미있는 기록을 달성했으니 의미있는 일을 하고 싶다"며, 전북대 병원 소아암 환자 5명을 위한 치료비 1천만원을 기부.
2013년: 프로농구 선수에서 은퇴하며 마지막 시즌 연봉 1억에 사비 1억을 더 보태서 2억을 저소득층 장학금으로 모교에 기부.
2016년: 사랑의 열매 사회복지 공동모금회에 1억원을 기부했다. 이로써 서장훈은 1억원 이상 고액 기부자 모임인 '아너 소사이어티'(Honor Sociiety)의 회원으로 가입됐다. 서장훈은 "방송을 시작한 이후 뜻하지않게 받은 많은 관심과 사랑을 조금이나마 사회에 돌려드리고자 기부를 결심했다"고 말했다. 이어 "기부금을 통해 의지할곳 없이 어려운 환경에서 생활하는 어린 친구들의 작은 보탬이 되고 싶다"고 덧붙였다.
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