외장하드 쓰다보면 스캔하여 수정하시겠습니까? 라는 경고문 뜰때

cmd에서 chkdsk/f 명령어로 수정하면 안뜬다고 하던데

저 명령어가 외장하드속 파일이 삭제되거나 변형되는 경우도 있다고 하더라구요

삭제되는 경우가 흔한가요? 아니면 별 이상없이 제대로 진행되는 경우가 더 많은가요??