먼저 저는 창조설 지지자거 아니며
생명과학을 전공한 학사임을 먼저 밝힙니다.ㅎ
그래봐야 아는거 음스니 음슴체를 쓰고 싶지만
존댓말이 편하므로..

진화생물학에 흥미가 있어서 공부하다보면
진화는 엄청난 양질의 근거로 뒷받침되는걸 알수 있습니다.

그러다가도 '이야..이거 실화임?'스러운 관찰결과들도 볼 수 있는데..

1. 첫 번째.
저는 개인적으로 진화의 증거중 가장 강력한게 분자생물학적 증거라 생각합니다. 특정 유전자의 변이를 분석하거나 항원항체 반응을 통한 단백질 구조 호몰로지 비교 등.. 형태적 계통분석과 분자적 계통 분석은 대체로 들어맞습니다.
일부 가까운 종 간의 계통정리를 하는게 최근 계통분류학의 역할이죠.

그런데 같은 유형의 analogous한 변이들이 각자 다른 계통에서 엄청나게 빈번한 경우가 있습니다. 이 모든게 우연적이고 독립적인 변이라기엔 너무 절묘하고, 그렇다고 공통조상에서 공유된 형질이라기엔.. 그 외의 종들에서 마찬가지로 비슷한
deletion 등이 일어난건가..또는 horizontal gene transfer가 답인가.. 싶어도 사실 그분야 연구자는 아니라 HGT가 protist나 그이상의 다세포성 진핵생물들에서 양적으로, 통계적으로 얼마나 강력한 위력을 가지는지 모릅니다ㅠ

현대 진화론으론 그냥 공유파생형질로 해석할 수 밖에 없는데, 예컨대 기능을 알수 없는 서열들의 analogy는 어떤 측면에서 개체의 적합도를 높여 선택됐는지 의문입니다.

 2. 불연속적인 화석 증거
고생물학자들 연구에 따르면 틱타알릭과 같은 일부 예외를 빼면 대개 강 이상 단위의 대진화를 뒷받침하는 연속적인 화석 증거가 거의 없다고 알고 있습니다.. 
이게 현재 진화론에서 주축인 전통적인 다윈파, 점진주의파로는 설명에 한계가 있으니까 굴드같은 고생물학자 중심으로 단속평형설 같은 대안이 나왔다고 알고 있는데, 이것도 정론으로 들어서진 못한걸로 압니다.
제 생각은 목 이하의 대진화는 점진주의로 설명하지만, 강 이상의 진화에는 단속평형설로 설명할 수 있지 않나 싶어요.

암튼.. 제가 공부하며 느꼈던 의문들입니다.
진화가 사실이라 생각하지만
스스로 현대과학의 독트린에 휩싸이지 않으려
비판적 태도를 고수하는데요..

저보다 고견이 깊으신 분들의 의견이나 설명도 듣고 싶네요!