고양이의 번식력은 생태계를 교란하는 주된 원인으로 확인되고 있기도 한데 고양이는 자신보다 몸집이 작은 쥐, 새, 곤충, 개구리, 뱀 등을 잡아 먹으며 유희적이고, 천성적으로 살생하기도 한다. 이로 인해 멸종위기종 또는 보호 종으로 분류된 다람쥐, 구렁이 등의 씨를 말리는 원인이 된다. 결정적으로 해수구제사업으로 인해 대형 육식포유류가 사실상 전멸한 대한민국 생태계에서 길고양이에 대해 자연적으로 생태계 사슬을 이루게 할 동물은 거의 없다. 기껏해야 멧돼지나 오소리, 삵 정도가 우위에 설수도 있겠으나 고양이와 굳이 마주치거나 생태적 경쟁을 이룰 이유가 없는 깊은 산속에서나 살기 때문에 도심과 도심 인근(특히 그린벨트 지역)의 자연에서 인간 이외에는 고양이가 먹이사슬의 가장 상위에 위치해있는 것이다. 이러한 상황에서 인간이 자신의 감정적인 만족감을 위해 고양이를 보호하여 번식까지 밀어준다면, 고양이가 인간을 대신하여 자연을 파괴하는 첨병을 하게 된다고 볼 수도 있다.