소설의 내용을 매우매우 간략하게 설명하자면 우연찮게 '인스머스'라는 도시에 대해 이야기를 들은 주인공은 그 곳의 을씨년스러운 분위기와 기괴하게 생긴 사람들에 대해 의문을 갖던 중, 마을에 살고있던 노인에게 위스키 한 병을 사주고 대략적인 전말을 듣게 됩니다. '딥 원'이란 이종족들과 계약을 맺어 산재물을 바치고 숭배하는 대가로 금은보화를 얻던 사람들에게 어느 날 '딥 원'은 자신들과 피를 나누기를 원하였고 사람들은 이에 순응해 그들의 제안을 받아들였다고 합니다.
이후, 인스머스 주민들에게 쫓기던 주인공은 간신히 마을을 벗어나 정부에 이 도시를 신고하였고 주민들은 연행되고, 그들이 계약을 맺었던 '악마의 모래톱'이라 불리는 장소를 어뢰로 터트려버립니다. 모든 일이 끝났다고 생각했건만 주인공은 자신의 가계도에서 최초로 딥 원과 피를 나눈 사람이 자신의 조상이란걸 알 게 되고 더불어 자신의 피에도 딥 원의 피가 흐른다는걸 깨닫게 되는데요. 꿈 속에서 딥 원이 된 조상들이 나타나 '그들의 공격은 우리에게 별로 큰 타격을 주지 못했다며 우리들의 본거지 (Y'ha N'thlei)는 더 은밀하고 깊은 곳에 숨겨져있다'라고 일러줍니다. 어느 덧 꿈에서 깨어난 주인공은 화장실 거울을 통해 자신의 얼굴에도 점점 인스머스 주민들과 같은 모양새로 변해가는걸 알 게 되고 꿈 속에서 나타난 조상들이 계속해서 그에게 환희를 체험시켜 결국 그는 딥 원의 일원이 되기로 결심하는 걸로 소설은 끝을 맺습니다.