1. 문명4 출시(2004) 이후 처음으로 완전히 새로운 엔진을 토대로 만들어짐.

2. 문명4나 5와 달리, 본편에 모든 핵심 기능(종교, 첩보 등)이 포함되어 나올 것.

3. 문명6의 도시는 여러 타일을 차지할 것이며, 도시의 특정 기능을 전문화하는 여러 지구(district)를 지정할 수 있게 됨. 불가사의 역시 독립된 타일을 필요로 함.

4. 각 지구의 능력은 그 지구가 접면하고 있는 지형에 의해 보너스를 받을 수 있음(예: 과학 지구는 산이나 정글과 접면했을 때 보너스, 신앙 지구는 산이나 숲에 접면했을 때 보너스). 개발자는 이 보너스가 논리적이기를 원함.

5. 총 12가지 종류의 지구가 있으며 시작 시점에는 그 중 5~6 종류를 사용 가능할 것. 한 도시의 첫 출발에는 2개까지 지정할 수 있음. 도시가 성장함에 따라 더 많은 지구를 지정할 수 있으며, 아직 커지지 않은 도시의 경우 성장 후에 어떤 지구가 되도록 미리 지정해 두는 핀(pin) 기능을 제공함.

6. 각 지구는 모두 타일을 먹으므로, 도시 유지에 필요한 농장과 광산에 필요한 타일을 남겨놓는 것을 고려해야 할 것임.

7. 이러한 도시의 변화는 전쟁양상의 변화에도 영향을 미침. 적의 도시에 깔린 지구 중 무엇을 타격할 것인가에 따라 전쟁 중 적의 수행능력이 서로 다르게 저하됨. 또한 추가적인 원거리 공격과 방어력을 제공하는 주둔지 지구(military encampment district) 역시 지정 가능함.

8. 문명6에서는 4편과 5편의 유닛 시스템을 절충하여, 제한된 유닛 겹치기 시스템을 제공함.

9. 하나의 전투 유닛에는 하나의 민간인 유닛(예: 개척자 등) 혹은 보조 유닛(예: 의무병, 대전차병 등)을 첨부할 수 있음. 대전차, 대공 등 독립된 작전수행 '유닛'이라기보다 특정한 '장비'에 가까운 것들은 전부 보조 유닛화될 것임.

10. 나폴레옹 시대 이후부터 두 개의 같은 종류의 전투 유닛을 통합해 하나의 군단(corps)를 만들 수 있음. 이렇게 만들어진 군단은 하나의 유닛에 비해 약 40% 정도 강할 것임. 따라서 두 개의 독립된 유닛이 실제 전투력은 더 강할 수 있으나, 하나의 군단이 기동성과 한 번의 충돌에서의 생존력은 더 강할 것.

11. 나폴레옹 시대 이후 약 100년이 지나면 세 개의 같은 종류의 전투 유닛을 통합해 하나의 군(army)을 만들 수 있음. 이러한 게임 후반 통합 기능의 추가로 인해 5편에서 골치를 썩였던 병목현상은 완화될 것임.

12. 문명6의 기술 연구는 보다 능동화되어, 게임의 다른 영역에서 이루어지는 활동이 연구에 영향을 미치게 됨. 예를 들어 바다를 발견하고 해안가 도시를 짓고 배를 만드는 행위는 항해와 관련된 기술의 연구 필요 턴수를 단축시킴(심지어 그 기술이 당장 연구중이 아니더라도).

13. 또다른 예로 영토 안에 석재를 갖고 있으면서 일꾼으로 채석장을 짓는 행위는 석공술의 연구 필요 턴수를 단축시킬 것이고, 야만인과 지속적으로 싸우는 행위는 청동기술과 철제기술을 단축시킬 것임.

14. 문명6의 모든 AI는 특정한 의제(agenda)를 가지게 됨. 예를 들어 "언제나 불가사의를 남들보다 많이 가져야 한다"거나 "모든 도시국가들과 적극적으로 교류해야 한다"는 등의 내용을 가짐.

15. 이러한 의제는 각 문명에 따라 역사적으로 가졌던 것을 하나씩 가지게 되며, 게임을 너무 단순하지 않게 하기 위해 숨겨진 랜덤 의제를 하나씩 더 가지게 됨.

16. 플레이어는 이러한 AI의 의제를 교류와 첩보를 통해 알아내어 상대 문명의 의도를 파악하고 플레이하게 됨.

17. 완전히 새로운 승리조건이 추가될 것이며, 전통적인 승리조건 중 하나는 완전히 뒤바뀔 것임.