제주도지구전투사령부의 작전을 함병선 2연대장이 주도한 제1기(3월 2일～3월 마지막 주)와 유재흥 사령관이 비로소 제주에 도착해 진압작전을 진두지휘한 제2기(3월 마지막 주～5월 15일)로 나눌 수 있다. 실제 상황에 들어가면 1기와 2기 사이에는 뚜렷한 차이가 있다.

함병선 2연대장은 제주도지구전투사령부가 설치된 첫 달의 작전 방침에 대해 “온건 완화 작전을 취하여 오던 국군은 최후적 결의를 갖고 제3단계인 무력소탕 태세에 들어가게 되었으니 3월 1일부터 동월 말일까지의 일대 섬멸전이 그것이다”고 밝혔다.1) 제주도지구전투사령부 보도대는 사령부 설치 초기의 작전(3월 9일～15일)에 대해 이렇게 발표했다.

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사살‧포로자 숫자에 비해 노획한 무기가 너무 적다는 점은 함병선 연대장이 주도한 3월 한 달 동안의 이른바 ‘섬멸전’의 성격을 말해 준다. 사살‧포로자 중에는 목숨을 구하기 위해 산으로 피난해 언제 잡혀 죽을지 모르는, 죽음의 공포를 견디며 숨어 지내던 비무장 민간인들도 다수 포함돼 있었던 것이다.

이와 관련, 한 미군 보고서는 한국정부의 발표를 인용해 3월 1일부터 4월 30일까지의 토벌대의 전과를 ‘반도(rebel) 사살 1,075명, 반도 체포 3,509명, 반도 투항 2,065명’이라고 보고하면서 “이 보고서에서 언급된 대부분의 ‘반도(rebel)’는 토벌대가 섬 안쪽 산악지역의 모든 주민들을 자동적으로 반도(rebel)라고 분류할 때 비로소 성립될 수 있다”는 논평을 했다.6) 중산간지역에 있는 사람들을 일단 ‘반도’라고 전제해 놓고 사살‧체포한 후 이를 ‘전과’로 보고한 것이다.

이같은 작전은 큰 인명피해를 초래했다. 한 미군 보고서는 1949년 3월말까지의 제주 상황에 대해 “지난 한 해 동안 1만 4,000명～1만 5,000명의 주민이 사망한 것으로 추정되며, 이들 중 최소한 80%가 토벌대에 의해 살해됐다. 섬에 있는 주택 중 약 1/3이 파괴됐고, 주민 30만 명 중 약 1/4이 자신들의 마을이 파괴당한 채 해안으로 소개당했다”고 기록했다.7)

한편 3월 마지막 주에야 비로소 제주에 도착한 유재흥 제주도지구전투사령관은 선무공작을 실시하는 한편 지금까지 해안마을에 주둔하고 있던 병력을 산악지역으로 이동 배치하였다. 연대본부와 작전 병력만 제주읍에 남고, 제1대대는 현재의 제1횡단도로 수악교(水岳橋) 부근, 제2대대는 관음사, 제3대대는 조천면 교래리, 그리고 특수부대는 노루오름에 주둔하는 등 산악지역으로 전진 배치한 것이다.8) 여기서 특수부대란 2연대 전 작전참모 김명 대위가 지휘하는 50명 규모의 부대로서 산악지역을 배회하다 무장대를 만나면 제주사투리를 구사해가며 정보를 수집하는 조직이었다.9) 해변마을에서는 주민들을 집결시킨 가운데 상공에 정찰기를 날게 하거나 로켓트포 시범사격을 보여줌으로써 위세를 과시하는 등 진압‧선무 병용작전을 폈다.10) 이 때의 작전에 대해 유재흥은 이렇게 말했다.

제주도에 가보니까 산중에 피난민 2만 명 정도가 있었어. 그리고 바닷가에는 경찰‧군인이, 산쪽에는 공비하고 피난민이 있는 등 서로 갈라져 있으면서 밤이 되면 욕하고 싸우는 상황이었어. 그래서 나는 ‘군인은 무조건 산으로 올라가라, 공비토벌 해야 한다’며 3개 대대와 1개의 유격대대 등 4개 대대를 한라산 중복지역으로 이동시켰어. 처음에는 각기 전투지역이 있으니까 각 대대가 다니면서 소탕을 했고, 마지막에는 내가 4개 대대를 기동시키면서 작전을 했지.11)

유재흥 사령관은 남아 있는 무장대 체포와 특히 ‘2만 명 가량의 피난민’을 하산시키기 위한 작전계획을 세웠다. 1949년 4월 1일자 미군 보고서는 다음과 같은 ‘논평(comment)’을 통해 향후 작전방침을 시사했다.

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이상 군과 경찰의 전과를 종합하면 포로‧귀순자가 7,641명, 사살이 1,612명이다. 그런데도 정부 당국이 밝힌 무장대 수는 많은 진압작전의 전과에도 불구하고 늘 ‘250명 가량’이었다. 이는 9연대와 2연대 초기의 진압작전 때만큼 주민희생이 컸던 것은 아니지만, 제주도지구전투사령부 설치 초기인 1949년 3월 말까지는 함병선 2연대장의 소위 ‘섬멸전’이 여전히 계속되었음을 말해준다.

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그런데 앞서 지적한 것처럼, 제주도지구전투사령부의 작전은 함병선 2연대장이 진압작전을 주도한 제1기와 3월 마지막주 유재흥 사령관이 도착한 이후인 제2기로 나뉜다. 선무공작은 제2기 때부터 비로소 시작됐다. 한 미군 비밀문서는 제1기 ‘가혹한 작전(severe tactics)’과 제2기 ‘사면계획(program of amnesty)’의 차이에 대해 이렇게 기록했다.

지휘권을 잡은 즉시 유(재흥) 대령은 전임자 함병선의 가혹한 작전(이 작전은 신분이나 무기의 소지여부를 가리지 않고 폭도 지역에서 발견된 모든 사람을 사살하는 것을 포함한다)을 바꾸어 즉각적으로 사면계획을 시작하였다. 가능한 한 포로들을 붙잡아서 유 대령 자신이 직접 심문하였다. 포로들은 양심의 가책을 나타냈으며 만일 그들이 게릴라 전투요원으로 가담한 자가 아니면 음식과 담배 등을 주어서 석방하였다. 현재까지 이러한 방법의 결과는 만족스럽다. 왜냐하면 석방된 포로들은 유 대령의 부대를 무기 은닉처로 안내할 것이며 그들의 동료들에게 항복하면 모두 사살 당하지 않고 공정하게 대우를 받을 것이라는 말을 퍼뜨릴 것이기 때문이다. 유 대령은 자신의 사면계획 하에서 석방된 포로들마다 최소한 6명씩을 데리고 왔다고 추산하고 있다.25)

 

이와 관련 유재흥은 “제주도 사람들이 싫어하는 서북청년들의 횡포를 막으면서 ‘과거 일은 불문에 부칠테니 안심하고 내려오라’고 선무했고 또 실제로 몇 군데 그렇게 한 결과 소문이 나서 매일 몇 천명씩 내려오니까 2만 명이 금방 내려오게 되었다”고 증언했다.26)

이같은 ‘귀순자’ 증가에 관해 4월 7일부터 13일까지 제주를 시찰하고 온 이윤영 사회부장관은 “요즘 귀순자가 늘어가고 있는데 내가 갔다온 1주일간만 하더라도 898명이나 귀순자가 있었고 4월 13일 현재 합계 3,500명이 돌아왔었다. 제주도 5개 수용소에 있는 자가 3,174명이 있다”고 말했다.27) 귀순자는 점점 늘어 5월 11일 현재 6,000여 명에 달했다.28)

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한편 유재흥 대령은 5‧10재선거가 무사히 실시되자 5월 13일 제주를 떠났다.32) 제주도지구전투사령부는 5월 15일자로 그 임무를 2연대에게 맡기고 공식 폐지되었다.33) 또한 제2연대 병력 중 유독 서북청년회 단원들로만 구성된 제3대대는 5월 15일 전투사령부와 함께 제주에서 철수했다.34) 2연대 3대대를 철수시킨 것은 미군사고문단장 로버츠 준장의 지시에 따른 것이었다. 로버츠 준장은 2연대 3대대 뿐 아니라 경찰에 소속돼 있는 서북청년회 출신들을 본토로 복귀시켜 널리 분산시키라고 신성모 국방장관에게 시달했다.35)

당초 미군은 군과 경찰에 서북청년회가 투입돼 지원하는 것을 칭찬하며 장려해 왔다.36) 그러나 사태가 완화된 후에도 서청의 횡포가 지속됨으로써 오히려 문제를 악화시키는 결과를 초래하자 뒤늦게 서청을 철수시킨 것이었다. 5월 18일에는 경찰특별부대가 3개월간의 작전을 마치고 서울로 돌아왔다. 이로써 유혈 참극의 사태는 어느 정도 진정됐다.

그런데 유재흥 대령은 선무공작을 실시하면서 “하산을 하면 과거의 죄를 묻지 않고 생명을 보장해 주겠다”고 했지만, 유 대령이 제주를 떠나고 난 후 1,600여 명이 총살당하거나 전국 각지의 형무소로 보내졌다.

제주도지구전투사령부 폐지 이후 제주는 다시 2연대 함병선 연대장의 책임 아래 놓이게 되었다.