양 총장은 또 20여년 전에 전KBO총재였던 김기춘 전박근혜 대통령 비서실장의 국회의원 시절 비서관을 1년 6개월 정도 했다는 이유로 비난을 받고 있는 것에 억울해했다. 양 총장은 “내가 사무총장이 되던 5년 6개월전(2012년 1월)에 김전총재는 야인이었을 뿐만 아니라 이 후에도 사무총장 업무를 수행하는데 있어서 김전총재와 전혀 관계가 없었다. 오히려 문체부 정책에 프로야구가 유독 비협조적이라는 말을 듣는 등 김전총재의 도움을 받은 일이 없는데 내가 왜 적폐세력이 되는 지 모르겠다”면서 “예전에 KBO와 국회에서 비서로 잠깐 보좌한 것이 전부인데 이것을 마치 김전총재와 함께 청산해야할 세력으로 몬다는 것은 납득이 안된다”며 고개를 흔들었다.
양 총장은 마지막으로 최근 불거진 KBO 직원의 입찰비리 사건에 대해서도 해명을 했다. 양 총장은 “내부 직원들의 신고로 입찰비리 당사자가 사직서를 냈지만 반려하고 자체 조사 중이었다. 일부에서 지적한 것처럼 작별 회식을 가졌다는 등 비리를 은폐하려 했다는 것은 말도 안된다”며 펄쩍 뛰었다. 사표처리를 하지 않은 채 조사를 통해 파면 및 형사고발 등의 조치를 취할 예정이라고 한다.